历史沿革
使命担当，宏基初奠（1954~1957年）
一、建站背景
新中国成立后，美国长期对我推行敌视、孤立、封锁的政策，中国的天然橡胶基本依赖从国外进口。为了打破帝国主义的封锁，1951年8月31日，周恩来总理委托政务院第一副总理陈云在北京主持召开中央人民政府政务院第100次政务会议。会议审议通过了《中央人民政府政务院关于扩大培植橡胶树的决定》。这次会议发起了挑战世界植胶界权威论断，突破将巴西三叶橡胶树大面积北移种植的绿色革命的部署。决定指出，“为保证国防及工业建设的需要，必须争取橡胶自给”，要求自1952年至1957年，以最快的速度在广东、广西、云南、福建、四川等5个省区种植巴西橡胶及印度橡胶770万亩（海南岛任务另定），争取10年后，每年产胶量达10万吨的目标。同时，中央决定，由政务院副总理兼中央财经委员会主任陈云主持建立橡胶生产基地工作，由叶剑英直接领导华南地区大面积植胶工作。
9月中旬，政务院第一副总理陈云南下广州，与时任中共中央华南分局第一书记、华南军区司令员、广东省人民政府主席叶剑英共同主持有政务院林垦部领导和苏联专家列席的广东省委秘密会议，传达中共中央“一定要建立我们自己的橡胶生产基地”的决定和政务院第100次政务会议决定，研究落实两个“决定”的具体计划。
根据中央决定，组建华南垦殖局，拟在高雷、海南、广西设立下属机构，领导橡胶垦殖工作；要求华南地区各级党委和政府，全力支持橡胶垦殖工作的开展；以中央财力为主，动员地方人力物力支持和参与橡胶垦殖；建立科研队伍，与垦殖工作同步建立科研基地，开展科研工作。
11月初，华南垦殖局在广州沙面成立（次年迁至湛江市），下辖高雷、广西、海南三大垦区。中共中央华南分局第一书记叶剑英兼任局长，中共广西省委书记陈漫远、中南财经委员会华南分会副主任易秀湘、海南军区司令员冯白驹兼副局长；调任中共中央华南分局秘书长李嘉人、西北军政委员会农林部部长惠中权、解放军156师师长邓克明、东北国营农场管理局局长顾绍雄任副局长。
1952年2月，中央决定组建天然橡胶科研机构。林业部决定以广西桐油研究所和重庆工业试验所橡胶组的人员和设备为基础，从华南分局、华南垦殖局抽调部分工作人员，从北京中国科学院、山东大学、浙江大学等多家高校抽调一批专家教授、科技人员和应届大学毕业生组建研究所。1954年3月，在广州沙面珠江路44号（原英国驻广州总领事馆地址）正式成立了“华南热带林业科学研究所”。同年，中央决定把橡胶生产管理体制从林业部划归农业部管理，华南热带林业科学研究所更名为“华南热带作物科学研究所”（1958年由广州搬到海南儋县，更名为“华南亚热带作物科学研究所”；1965年底扩建为农垦部热带作物科学研究院，后更名为“华南热带作物科学研究院”；1994年更名为“中国热带农业科学院”），同时成立“华南热带作物学院”（最初称为“华南农学院海南分院”，1959年改为现名，1996年更名为“华南热带农业大学”，2007年并入现海南大学），合称为“两院”。两院是一个整体，实行科研、教学、推广三结合体制，一套班子、合署办公。下属四个试验站（场），分别是：海南联昌试验站、粤西徐闻试验站、广西龙州试验站和广州燕塘试验场。
二、使命催生徐闻试验站的成立
徐闻试验站即今中国热带农业科学院南亚热带作物研究所的前身，徐闻试验站为粤西地区性的试验站，主要任务是解决粤西地区橡胶生产发展中出现的关键性技术问题。因此，徐闻试验站是顺应国家战略而生，从诞生之日起就肩负着打破帝国主义对我国橡胶战略物资的封锁、保障我国橡胶物资供应、安全保障维护国家战略物资供应的重要使命。
徐闻试验站1953年夏季开始筹备。根据农垦部王震部长“关于研究所要下迁到生产中心与生产相结合”的指示精神，华南热带作物科学研究所首先采取措施加强试验站力量，抽调一批科研骨干到徐闻试验站工作。1954年12月，由粤西垦殖分局徐闻垦殖所派出技术员万国宝、何国强、许能琨、吕遂生、邱绍先、吴化忠等，在广东省雷州半岛最南端的徐闻县后塘乡坑仔村，建立徐闻试验站。站址面积约3公顷，实验室500平方米，苗圃地6公顷，解放前留下的城南、西窝、庙前、庙后、深井等老胶园约13公顷。建站初期约50人，其中站长1人，行政干部7人，科研人员11人，其他人员约30人。试验站成立初期以橡胶树为主要研究对象，研究机构设生态造林、土壤农化、解剖生理、植物保护和遗传育种五个研究组。
建站伊始，试验站针对粤西地区的气候条件，就橡胶生产过程中出现的关键性技术问题开展了大量研究。
1954年，我国抗寒品种选育推广工作开展之前，彭光钦、曾友梅主持、组织一批专业人员就开始了抗寒害的防护栽培和低温生理研究，从中得到一个重要结论，即：不能从抗寒实生植株中选择出抗寒性强的无性系，而应首先通过抗寒性鉴定，从高产实生树的初生代无性系中选择抗寒品系，有利于选择抗寒高产品种。这一重要结论为抗寒品种选育指明了正确路径，也为93-114优良品种的选育奠定了基础。
三、粤西试验站的建立与搬迁
徐闻试验站因初建基地处地偏远、面积狭小，为了加强地方党委对试验站的领导，为科学试验提供更好的试验条件，使科研工作能够面向全区、更好地为生产服务，1955年3月经中央农垦部批准，徐闻试验站更名为“粤西试验站”，由张连三任总支书记、站长，从所部调庞廷祥任副站长。并决定试验站由徐闻县坑仔村迁至湛江市郊区湖光农场场部。
1955年3月更名为粤西试验站
试验站的搬迁工作得到党和国家领导人的高度重视。中央农垦部张池林副部长就试验站迁址一事，早已对粤西农垦局做过指示。
1956年2月，经广东省湛江市人民委员会和遂溪县人民委员会批复，国营湖光农场划拨给粤西试验站903亩造林地。
1957年4月，由粤西农垦局和华南热带作物科学研究所共同“监交”下，粤西试验站从徐闻坑仔迁址到湛江国营湖光农场。同期，庞廷祥、陆行正、胡继胜、郑心柏等到湖光农场选择站址，得到湖光农场王金昌场长的积极支持，并主动提出把场部和第二生长队划给试验站。时至年底，湖光农场搬至志满镇，场部土地划给粤西实验站。
迁址崛起，突破禁区（1958-1986年）
一、粤西试验站迁址概况
1958年，试验站完成迁址工作。迁移后，原徐闻试验站资产全部移交给粤西农垦局徐闻育种站，新站址用地为粤西农垦局湖光农场场部和该场第二生产队的生产基地，其土地、房屋设施和地面作物也一并全部划拨给试验站。同时从广州研究所所部抽调了一批科技人员加强试验站的工作。随后又并入附近湖屋仔村，使得当时试验站人员达400人左右，土地面积468公顷。试验站下设三个试验队，即橡胶队、香料队和经济作物队，随后又改为试验一队、试验二队和机务队。1977年成立试验农场统一管理试验队。1979年撤销试验农场成立基地管理科，管理两个试验队。
粤西试验站迁址后，得到党和国家重要领导人的亲切关怀和大力支持。
1959年9月，邓小平、彭真等中央领导，广东省委书记陶铸以及越南民主共和国主席胡志明，先后到粤西站视察； 1961年2月，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长郭沫若同志到粤西试验站视察，并题诗1首。
1963年1月，正值新春佳节期间，时任国家农垦部部长的王震同志到粤西试验站视察，特别指示试验站要注重抓生产，提高生产效率，要多种能看能吃的东西，这让当时的工作人员们深受启发。
1963年3月3日，中央人民政府副主席、中国人民解放军总司令朱德，在湛江地委书记莫怀、副书记谢永宽，以及中国人民解放军第55军军长陈明仁上将等陪同下视察粤西试验站，进行了两个多小时的考察，参观完引种园及听取汇报后，总司令强调：“种好橡胶，发展生产，巩固国防很重要。你们要把主要科技力量放在橡胶抗寒高产研究工作中，同时也要安排一定的力量对其他作物进行研究，对科研人员生活给予关照。希望你们继续努力工作，做出更大的成绩，为社会主义建设服务。”
1965年4月，贺龙元帅视察了粤西站。
粤西试验站迁址后，国内外交流与合作日趋活跃。先后有许多国际友人到试验站考察、交流，同时粤西站也组织了部分专家出国考察。
二、橡胶树北移，突破植胶禁区
我国天然橡胶产业是在非常困难的国际环境和特殊的历史条件下迅速发展起来的。但我国华南地区属于橡胶生长的非适宜区，低温寒害和风害问题是我国橡胶生产的严重威胁。在巴西橡胶原产地亚马逊河流域、巴西橡胶盛产地东南亚各国以及其他赤道附近的重要植胶国，不存在这种情况。因此，我国要大面积种植和发展橡胶，就必须开展以抗灾为重点的橡胶树北移种植技术研发，抗性育种是核心，选育抗寒品种是建立我国橡胶生产基地首先要解决的重要任务。
1954年4月至1956年3月，由何敬真教授和江爱良、肖椿前教授共同主持，在徐闻试验站开始了不同结构次生林带和萌生林带防风防寒试验，1960年代初期又重复开展了这些试验，并得到一些重要研究结果。
1957年3月，广州橡胶树北移工作组正式成立。1964年时任华南亚热带作物科学研究所所长何康（1983~1990年任农业部部长）宣布将广州橡胶北移组并入粤西试验站，此后，橡胶北移栽培研究任务由粤西站承担。
1961年，粤西试验站分别在广西东方农场、华山农场建立梯度前哨抗寒试验点，随后又相继在三中农场、云浮农场建立前哨抗寒试验点。
1962年，中央农垦部刘型副部长在湛江海滨宾馆主持全国第一次橡胶树育种工作会议。
1964年，党中央、国务院号召广大科研人员走出高楼深院，深入生产第一线，为“两当”（当时和当地）服务，大办样板田。活动中有三分之二的科技人员下楼出院，深入生产第一线，建立样板点。粤西试验站创建了广西广东农场橡胶抗寒栽培样板，南华农场抗风栽培样板。
经过10年探索，粤西试验站在橡胶树抗寒品种选育的理论上实现了突破。橡胶树是典型的热带雨林树种，从树种特性来看，其抗寒性基因的范围不会很宽，要从原始材料中选育抗寒性强的高产品种是难以实现的。但在实践中发现，品系间抗寒性有明显的差异，若是通过亲本选择利用它有限的抗寒性和杂种优势，逐步提高其后代的抗寒性和产量是可能的。
1980年，粤西试验站谢善昌、郭森元、庞廷祥等参加的“湛试93-114的选出和大规模级推广”研究成果，获得农垦部科技成果一等奖。
1982年10月，华南热带作物科学研究院申报的“橡胶树在北纬18~24度大面积种植技术”研究成果，获得国家科委颁发的国家发明一等奖。其中粤西试验站从200多份抗寒资源中杂交选育的93-114抗寒橡胶品种为其重要组成部分。该技术研究成功前，世界生产性栽培橡胶树仅限于赤道以南10度到赤道以北15度范围内，北纬17度以北地区被视为“植胶禁区”。该技术使橡胶树从原产地的南纬4~5度北移到北纬18~24度种植，突破了北纬17度的世界临界值，实现了北纬17度~24度的大面积种植。
1987年11月，全国第三次橡胶树育种工作会议在湛江召开。广东农垦总局陈枫副局长在小组会上说：“湛试93-114的选出，巩固了北部重寒区的橡胶农场，粤西试验站立了大功。”
三、南亚热带作物研究的起步
1960年代中后期，南亚热带经济作物在我国热区逐步发展起来。为了适应新形势发展的需要，根据农垦部的要求，粤西试验站在主抓橡胶树研究的同时，逐步拓展研究范围，开始对其他南亚热带作物进行研究。
徐闻试验站改名粤西试验站后，更加明确了该站属区域性试验站的性质，主要任务是为粤西垦区热带作物生产服务。下设橡胶、香料、热作三个研究组和图书资料室。在以橡胶树为主要研究对象的同时，也开展了其他热带作物的研究。
1961年7月，国家科学技术委员会制定的《关于自然科学机构当前工作的十四条意见》（简称“科学14条”）颁布后，根据1962年全国第一次橡胶树育种工作会议精神，1963年中央农垦部下达文件，指示由华南亚热带作物科学研究所会同各省（区）农垦局，对已引进的20多个国外橡胶品种进行适应性试验。粤西试验站是粤西垦区试种点之一。随后，何康所长就具体要求，粤西试验站以橡胶科研为主，橡胶科研力量要占70%，其余30%的科技力量放在当前生产上急待解决的课题和热带作物引种试种，为热带作物发展创造条件。
早在1957年，粤西站胡继胜等就从海南兴隆试验站引种了胡椒，进行生物学习性、修枝整形、施肥效应、防寒措施等试验，至1964年总结提出了适合湛江当地自然特点的栽培技术，并建立了示范胡椒园。1965年湛江地委决定发展胡椒生产，委托粤西试验站举办技术培训班，培训各县胡椒生产技术骨干，先后4期共培训学员256人次，粤西试验站还派技术员到各县协助指导。胡椒生产逐渐在粤西地区发展起来。1977年由粤西站和湛江地区果蔬公司及各县公司组成胡椒科技协作组，建立技术指导网，进行现场技术指导，检查生产，交流经验，进一步普及胡椒技术，推动胡椒生产发展。由胡继胜、郑心柏、翁家瑜和邓福兴等开展的“胡椒在湛江地区引种试种推广”研究成果，于1982年获得国家科委和农委颁布发的国家成果推广、开发奖。胡继胜个人也于1984年获得全国农业科技推广先进工作者称号。
自1960年代，粤西试验站就开始收集和引进芒果种质资源，开始了芒果的研究。到1977年粤西试验站韦素洁、李桂生和胡继胜等从吕宋芒初生后代中选出优良早熟品种——粤西1号。经多年多点试验表明，具有生长健壮、易开花，两性花比例高，座果率高，花芽再生力强等特点，而且遇低温阴雨天气影响后能再抽穗开化、稔实，丰产稳产，果实成熟期在6月下旬。该品种曾在湛江、广州地区大量推广种植。
1979~1984年，广东土产进出口公司首次从澳大利亚引入澳洲坚果的嫁接苗及种子，赠送给粤西试验站。粤西站开始进行澳洲坚果的引种试种研究，同时分送部分种苗到广西亚热带作物研究所、云南省热带作物科学研究所、云南省德宏州热带作物研究所、四川省亚热带作物研究所、广东省云浮林业局等单位试种。这标志着我国澳洲坚果产业进入第一个发展阶段——引种试种阶段。此后，我国澳洲坚果产业从起步走上正规发展轨道。
1979年6月，广东省湛江农垦局所属剑麻研究所并入粤西试验站。自此以后，剑麻逐渐成为粤西站重要科研任务之一，主要开展剑麻抗病高产品种培育、剑麻营养诊断指导施肥研究、剑麻缺素症和茎腐病防治研究等。到1985年“龙舌兰麻杂种第11648号引种试种技术改进和示范推广”研究成果，获得国家科学技术委员会所颁发的国家科学技术进步二等奖。
随后陆续建立了香蕉资源圃、菠萝资源圃、荔枝龙眼资源圃、毛叶枣资源圃、杨桃资源圃、莲雾资源圃等热带果树种质资源圃，开展南亚热带果树研究，逐步形成了南亚热带果树重点学科。
1987年9月，经国家科学技术委员会批复〔（87）国科发琼字第0704号文件〕，粤西试验站更名为南亚热带作物研究所，加强了对橡胶树之外的其他南亚热带作物的研究。直到1996年9月9日，湛江遭受9615号超强台风“莎莉”（Sally）的正面袭击，粤西站试验地里的橡胶树几乎全军覆没。此后，南亚所实现了研究方向的重大转移，逐步形成了以菠萝、芒果、澳洲坚果、荔枝、龙眼、香蕉等南亚热带果树，剑麻和甘蔗等热带纤维和糖能作物，玉米、蔬菜和马铃薯等热带粮食与蔬菜等作物为主要研究对象，开展种质资源收集保存与新品种选育、作物栽培、采后贮运保鲜与加工、农业资源高效利用与良好环境生态建设等基础、应用基础和共性关键技术研究的国家级综合性非营利研究所。
撤站建所，蓬勃发展（1987~2002年）
撤站建所后，南亚所继续得到各级领导的亲切关怀和大力支持。1988年4月25日，中国人民解放军总参谋长迟浩田到南亚所参观；1988年12月1日，农业部部长何康视察南亚所，为南亚所题写了所名，并为南亚热带植物园题词“南亚奇园谱新篇”；1993年12月19日，原中共中央政治局常委宋平视察南亚所，并题词“振兴三高农业”；1995年5月19日中共中央政治局委员、广东省委书记谢非视察南亚所。
撤站建所以后，南亚所研究工作稳步发展，工作条件，生活环境得到较大改善，新建了职工住宅，改善了办公条件和实验条件，配置了一批科研仪器、设备和设施，整治绿化了环境、道路和旅游设施，在标本园的基础上进行改造扩大、建成了南亚热带植物园，初步形成了具有南亚热带风光的科普旅游景区，植物园2001年被湛江市人民政府评为“湛江八景”之一，誉为“南亚奇园”；2002年被湛江市精神文明建设委员会办公室、湛江市旅游局评选为湛江市旅游行业“文明示范窗口”。
2002年10月经国家科研机构管理体制改革，转为国家非营利性科研机构。也是中国热带作物学会园艺专业委员会的依托单位。
由于南亚所科研业绩突出，于1992年被农业部农垦司评为“七五”期间全国农垦系统科研先进单位，并于1996年获得农业部农垦局颁发的先进集体奖。
剑麻研究经过多年积累，奠定了良好研究基础，已经成为南亚所重点科研任务之一。在剑麻抗病高产品种选育、营养诊断指导施肥、缺素症和茎腐病防治等领域的研究中都取得了很大成就。
在剑麻抗病高产品种选育方面，南亚所谢恩高、王东桃等于1980年选用H.11648（做母本）与普通剑麻（做父本）杂交，经品比试验不断筛选，培育出新品种粤西114。其产量接近H.11648，而抗病力尤其是抗斑马纹病能力显著强于H.11648，纤维拉力也优于母本。“剑麻新品种粤西114号的选育”研究成果于1990年获得农业部科技进步三等奖。
在剑麻营养诊断指导施肥研究方面，1983~1990年由许能琨等完成了土壤叶片采样方法，麻区土壤、麻田营养状况的调查，各种肥料试验，制订出营养诊断指标。已在垦区不同土壤类型麻区19个农场约7000公顷麻园中推广应用，取得显著的经济社会效益。他们还对镁营养和镁肥进行了调查和试验，鉴别了缺镁症状——基枯病，分析了镁营养素和施用镁肥效应。1989年余让水、林必、许能琨等完成的“龙舌兰杂种11648麻主要矿质营养缺乏症研究”研究成果，获得广东省人民政府颁发的广东省科学技术进步三等奖（证书编号：1989-813），同时获得获得湛江市人民政府颁发的科技进步二等奖；1993年由许能琨、林必、余让水和孙光明等完成的“H.11648麻营养诊断指导施肥技术研究”成果，获得国家科委颁发的国家科技进步三等奖。
芒果研究也有了一定基础，成果初显。这一阶段，重点开展了芒果花期调节和新品种选育工作。1994年岑洁荣等“应用多效唑促进三亚市芒果树提早开花结果的效应”研究成果，获得三亚市科学技术进步三等奖。1993年南亚所“芒果新品种粤西1号的选育”研究成果，获得湛江市人民政府颁发的湛江市科学技术进步二等奖；1999年由李桂生、王才发、马蔚红等完成的“红芒6号（Zill）引种试种研究”成果，获得农业部颁发的科技进步三等奖。
到1996年，南亚所参加了热科院专家组对四川攀枝花进行实地考察，发现该地区具有得天独厚的光热资源和南亚热带干热河谷气候特征，并且不受台风等自然灾害影响，特别适合芒果生长，具备优质芒果生产的环境气候条件，发展潜力巨大。经多次考察论证，提出了《在攀西地区发展10万亩一流的优质芒果商品生产基地的建议》，该《建议》得到了农业部的高度重视和攀枝花市委市政府的大力支持，从此，拉开了攀枝花发展芒果产业的序幕。随后，南亚所承担了科技帮扶攀枝花发展芒果产业的重任，并开始派驻专家挂职科技副县长，首期自2000~2003年，由范辉建挂职攀枝花市盐边县。“攀枝花模式”开始形成雏形。
澳洲坚果自1979年由南亚所首先引进以来，到1986年陈作泉所长在全国最早组建了澳洲坚果课题组，成为我国最早从事澳洲坚果研究的单位。这一阶段，经过前期的引种试种，到1994年南亚所“澳洲坚果引种试种”通过农业部成果鉴定，1999年获农业部科技进步二等奖。这一成果解决了我国能够种植澳洲坚果这一基本问题。因此，一些先驱企业（农户）开始商业化种植澳洲坚果，1994~2000年间出现了我国澳洲坚果产业第一次发展热潮，该时期全国澳洲坚果种苗和品种基本都由南亚所或南亚所的合作单位提供；各地使用的生产技术也主要由南亚所研发和推广。到2001年全国澳洲坚果种植面积已经达到2118公顷。这一阶段，是我国澳洲坚果发展历程中的产业起步阶段。南亚所在这一阶段的发展中起到了决定性的作用。南亚所澳洲坚果课题组获得1998年热农院校“先进集体”称号。
在南亚热带优稀果树和其他作物研究方面取得了长足进步。1987年南亚所“花叶龙血树快速繁殖技术的研究”成果，获得广东省科技委员会颁发的广东省生物技术专项奖；1999年“毛叶枣引种试种”项目通过农业部成果鉴定，2001年获得两院科学技术进步二等奖。荔枝、龙眼、菠萝、番荔枝、番石榴、杨桃等果树研究也开始起步，建立了各类南亚热带作物种质资源圃，保存各类南亚热带果树资源达到800多份、园林植物近1500份，是我国热带作物种质资源种类最丰富、数量最多的保存机构之一，为后续研究奠定了良好基础。
改革奋进，再立新功（2003-2012年）
进入新的世纪，国家开始对国务院部门（单位）所属科研机构管理体制进行改革，2002年10月，南亚所转为国家非营利性科研机构，主要承担南亚热带作物应用基础研究、应用研究和重大关键技术研究；南亚热带作物种质资源收集、鉴定与利用；芒果、菠萝、澳洲坚果等南亚热带果树、剑麻等热带纤维新技术研究、新品种培育与示范；南亚热带生物质能源工程技术研究、南亚热带农业资源高效利用与良好环境生态建设关键技术研究与示范等。实现了把主要研究力量转向南亚热带作物方向的战略转移，天然橡胶不再作为主要研究对象。
该时期，南亚所综合实力显著增强，工作条件和生活环境得到进一步改善。
南亚热带植物园形成了极具南亚热带植物特色的科普旅游景区，逐步建立起“科研、开发、旅游三位一体”的发展模式，走上改革、创新、发展的良性轨道。南亚热带植物园2005年被全国旅游景区质量等级评定委员会评选为“AAA国家级旅游景区”；2002年被中国农学会评选为“全国农业科普示范基地”；2005年被湛江市旅游局评选为“优秀旅游景区”；2005年获得湛江市科学技术协会颁发的“湛江市科普工作先进集体”称号；2006年被广东省旅游协会“首届广东最受欢迎自驾游目的地（景点）评选”活动评选为“自驾游推荐景点”称号；2006年被全国工农业旅游示范点评定委员会评选为“全国农业旅游示范点”；2009年被广东省科技厅评选为“广东省青少年科技教育基地”；2010年被广东省旅游局、广东省科技厅评选为广东省第一批“科技旅游示范基地”。2011年11月被农业部、共青团中央评选为“全国青少年农业科普示范基地”。
研究方向与对象增多，分工明确。种质资源研究中心成立了资源保存和利用课题组，园艺植物研究中心中杧果、菠萝、荔枝、龙眼、香蕉都成立了独立的课题组，毛叶枣、杨桃、黄皮、番荔枝、番石榴、莲雾、油梨等优稀果树组成了优稀果树课题组，热带坚果研究中心中成立了澳洲坚果课题组，热带纤维与糖能作物研究中心中成立了剑麻、甘蔗课题组，热带农业资源与环境中成立了植物保护和植物营养课题组，采后生理与保鲜研究中心成立了采后保鲜课题组，休闲农业研究中心中成立了加工和休闲农业课题组；2010年研究中心调整后种质资源研究中心增设了功能成分和经济林课题组，休闲农业研究中心增设了规划设计课题组。学科布局更加合理，涵盖了种质资源、栽培、育种、植保、植物营养、采后生理与保鲜、功能成分、产品加工等各个学科，建成了热科院果树学和植物营养学重点学科。
剑麻研究进入了新的发展阶段。进入国家麻类作物产业体系，是剑麻育种岗位依托单位。在剑麻区划、栽培生理、育种、植物营养、病虫害鉴定与防治、再生体系构建和分子标记辅助育种等方面都取得重要进展。2011年南亚所与热科院生物所、环植所合作完成的“剑麻斑马纹病病原生物学、遗传多态性及防治技术研究”研究成果，获得海南省人民政府颁发的海南省科技进步奖二等奖和热农院校科技成果二等奖。
菠萝研究国内领先，是国家菠萝产业体系首席建设单位。初步解决了我国菠萝产业发展中的关键技术问题。采用引进与选育种相结合的办法，选育出一批适合我国菠萝主产区种植的鲜果型、加工型和鲜果、加工两用型的菠萝新良种，建立了农业部菠萝种质资源圃。重点解决了我国菠萝鲜果生产产量、质量不高的问题，采取引进、研发与组装集成相结合的办法，把现代节水技术、农业机械化技术、有机配方合理施肥技术、生物防治技术，产期调节技术等应用于菠萝栽培，并形成标准化技术措施，在菠萝栽培上广泛推广应用，实现我国菠萝生产水平的大幅度提高。开展了菠萝保鲜贮运技术研发应用，初步解决了我国菠萝采后保鲜、包装、贮运技术和装备均相对落后的瓶颈问题。
芒果研究硕果累累。在种质资源与杂交育种、储藏保鲜、病虫害防治、品质生理、分子标记辅助育种等方面开展研究。2010年南亚所与攀枝花经济作物技术推广站等合作完成的“晚熟芒果生产关键技术研究与推广”研究成果，获得农业部、中国农学会2008~2010年度全国农牧渔业丰收奖一等奖；该技术的推广进一步提高芒果果农的种植技术水平，提升芒果品质，促进芒果产业走精品农业之路。2011年获“芒果种质资源收集、评价与创新利用研究”研究成果。2011年南亚所、品资所与环植物所合作完成的“芒果种质资源收集、评价与创新利用研究”研究成果，获得海南省人民政府颁发的海南省科技进步奖二等奖，并获得2011年热科院科技成果一等奖。南亚所与海口实验站等完成单位获2018-2019年神农中华农业科技奖优秀创新团队奖。川滇金沙江干热河谷晚熟芒果产业化关键技术研究与应用，获2016-2017年神农中华农业科技奖一等奖。晚熟芒果生产关键技术研究与推广，获2008-2010年全国农牧渔业丰收奖农业技术推广一等奖。攀枝花市优质晚熟芒果产业化，获2011-2013年全国农牧渔业丰收奖合作奖。
澳洲坚果研究助推我国澳洲坚果产业进入稳步发展阶段。在引种试种取得成功之后，继续开展种质资源收集保存、优良品种选育、丰产优质栽培等方面的研究并取得显著成果。研发了WGD-1配方扦插育苗技术，2003年获得云南省科技进步三等奖，获发明专利；研发了WGD-3配方诱导嫁接育苗技术，2013年通过农业部成果鉴定，获发明专利。选育了H2、南亚1号、南亚2号、南亚3号等一批优良品种。研发了澳洲坚果早结丰产栽培关键技术，被农业部推荐为主推技术。制定了一系列农业行业标准《澳洲坚果种苗》、《澳洲坚果果仁》、《澳洲坚果带壳果》、《澳洲坚果种质资源鉴定技术规范》。2007年完成的“澳洲坚果国外九个主要品种的适应性及丰产栽培关键技术研究与示范推广”研究成果通过农业部成果鉴定。这些技术进步助推我国澳洲坚果产业发展速度加快，这一阶段澳洲坚果平均每年新增种植面积在1万亩以上。产业发展进入稳定发展阶段。
2012年由热科院、广西壮族自治区亚热带作物研究所、广州市果树科学研究所、攀枝花市农林科学研究院、广东省湛江农垦集团公司、广西农业科学院园艺研究所、云南省德宏热带农业科学研究所共同完成的“特色热带作物种质资源收集评价与创新利用”研究成果，获得国家科学技术进步奖二等奖，南亚所的澳洲坚果课题组是主要完成单位之一。
荔枝研究成就斐然。南亚所是国家荔枝龙眼产业技术体系湛江试验站依托单位。这一阶段重点研发了荔枝果实套袋栽培技术、老低劣果园改造技术、安全高效生产技术，对提高我国荔枝单位面积产量，优化品种结构，提高产业效益和国际竞争力，确保荔枝产业健康稳定发展产生了积极的影响。项目组于2003年开始在海南、广东、广西等省区30多个市县、100多个示范点推广荔枝安全高效生产技术，到2011年直接推广面积超过2000公顷，辐射带动推广面积5300余公顷，已成为荔枝获得绿色食品认证的主要技术措施。“荔枝果实套袋栽培技术”成功解决了我国荔枝品质低，着色差和农药残留的问题，提高了荔枝的商品率。通过多年研究与实践，集成了一套包括间伐、合理整形修剪，环割环剥控梢促花，机械修剪、疏花，套袋技术，使用杀虫灯与低毒低残留农药防治有害生物，养分综合管理与施肥技术，采后处理与贮运保鲜等核心技术的“低产低值荔枝园改造技术”。通过国家荔枝产业技术体系等渠道推广70多万亩，每年新增收益5亿多元。获得农业部颁发的2010~2011年度中华农业科技奖科研类成果一等奖。作为该项目的组成部分，2005年南亚所“荔枝果实套袋栽培技术的研究与推广”成果，获得海广东省科学技术委员会颁发的广东省农业技术推广二等奖；2006年南亚所“套袋技术提高荔枝果实品质的研究与推广”研究成果，获得广东省科学技术委员会颁发的广东省科学技术二等奖；2008年南亚所“荔枝安全高效生产技术的研究与推广”研究成果，获得热农院校颁发的科技成果一等奖；2009年南亚所“荔枝安全高效生产技术的研究与推广”成果，获得海南省人民政府颁发的海南省科技进步三等奖。2011年10月，“荔枝高产高效关键生产技术的集成与推广应用”获中华农业科技奖一等奖2014年12月，“荔枝高效生产关键技术创新与应用”获国家科学技术进步二等奖。
优稀果树和其他南亚热带作物研究也取得许多成果。2006年南亚所“毛叶枣高产优质栽培生理及配套栽培技术的研究与应用”研究成果，获得热农院校颁发的科技成果一等奖。该技术体系可有效调节毛叶枣产期、显著提高产量与品质，并分别在海南、广东、云南、福建等地推广应用，累计推广面积达3300余公顷，效益显著。2007年南亚所“毛叶枣高产优质栽培生理及配套栽培技术的研究与应用”研究成果，获得海南省人民政府颁发的海南省科技进步三等奖。2009年南亚所“菠萝蜜资源调查、引种及开发利用”研究成果，获得湛江市人民政府颁发的湛江市科学技术奖三等奖。2011年5月西南大学与南亚所合作“苹果属植物优良种质资源变叶海棠起源和遗传多样性研究”研究成果，获得重庆市人民政府颁发的重庆市科学技术奖自然科学三等奖。2006年南亚所“湛江市区绿化植物品种选择和栽培技术研究”研究成果，获得湛江市人民政府颁发的湛江市科技进步三等奖。
植物保护方面的研究成果不断涌现。2008年南亚所“芒果炭疽病的抗药性及其综合防治关键技术的研究”成果，获得热农院校颁发的科技成果一等奖；2009年南亚所与海南大学、广西农科院等合作完成的“芒果炭疽病生物学基础及其可持续防控关键技术研究与应用”成果，获得农业部、中国农学会颁发的中华农业科技奖三等奖；2009年南亚所完成的“以食物诱剂为主桔小实蝇综合防治技术示范推广”成果，获得广东省农业技术推广奖评审委员会颁发的广东省农业技术推广奖二等奖；2009年南亚所、广东省东莞市农业科学研究中心、东莞市盛唐化工有限公司合作完成的“以食物诱剂为主的桔小实蝇综合防控技术研究与示范”成果，获得热农院校颁发的科技成果一等奖；2010年东莞市农科中心、南亚所与盛唐化工合作完成的“桔小实蝇食物诱剂配制与应用研究”成果，获得东莞市人民政府颁发的2010年度东莞市科技进步二等奖；2012年南亚所完成的“热带作物几种重要病虫害绿色生防化防技术研究与应用”成果，获得海南省人民政府院颁发的海南省科学技术奖二等奖。
2007年南亚所“主要热带作物种质资源描述与评价标准技术体系建设”研究成果，获得海南省人民政府颁发的海南省科技进步二等奖；2008年南亚所“植物快繁技术体系的计算机辅助决策和管理系统”研究成果，获得湛江市人民政府颁发的湛江市科技进步三等奖。
在服务三农和科技推广方面作出了突出贡献。确定了红芒6号（Zill）、凯特（Keitt）、海顿（Haden）等适宜发展的8个中晚熟优良品种在攀枝花“落户”，成为当家品种；研发了芒果套袋、花果调控等系列配套技术，针对性地解决了“大小年”结果、果肉溃败和区域性特有病虫害等重大科技难题；先后派驻7批共18人次的技术骨干坚持派驻技术骨干赴该市挂职科技副县（区）长，不间断的“火炬接力”，参与当地政府决策，协助做好规划落实，架起了专家与合作社、农户的桥梁，成功实现了“把科研成果带下去，把产业需求带回来”；创办“攀枝花新农学校”，为该市培养学历型果树技术骨干，为当地源源不断地输送了拥有新观念、掌握新技术的新型职业农民。推广模式获得获全国农牧渔业丰收奖一等奖。2011年12月中国农大、南亚所和天脊集团三方聚首，徐闻“科技小院”正式揭牌。科技小院建成了扎根基层，产、学、研、教“四位一体”服务“三农”的典范，为当地农民提供零距离的科技服务，把最新的农业科技直接送到农民手中。
扬帆新时代，砥砺铸梦想（2013-2018年）
十八大以来，在农业农村部和中国热带农业科学院的领导下，南亚所围绕“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”建设创新型国家的指导方针，按照乡村振兴战略总要求，紧紧围绕“强实力、扩影响”的工作主线，以院所创新改革发展为动力，“立足广东、服务热区”，全面提升南亚热带农业科技创新能力，大力实施科研兴所、人才强所、和谐共建和可持续发展战略，以自主创新推进科研工作优化升级，通过科技推广、服务“三农”工作引导热区经济发展、用科研成果服务地方发展经济，有效地推进南亚所和热区经济社会可持续协调发展。新时代的南亚所人“不忘初心，牢记使命”，只争朝夕，奋力前行，不断增强南亚所综合实力和对外影响力。
进入新时代，南亚所的科技创新能力进一步提升。确立了“抓生产问题、做基础研究；用先进手段、攻薄弱环节；育专门人才，出科研成果”的科研发展思路，强管理、带队伍、推进学科和团队建设，全面提升科技创新能力。
2017年10月，根据《中国热带农业科学院湛江院区“三所一站”管理改革工作方案》（热科院人〔2017〕15号）的总体要求，南亚所和湛江实验站融合发展，优化了资源配置，降低了管理成本，增强了综合实力。